Нинџе су се појавиле у средњовековном Јапану и служиле су као шпијуни, извиђачи и извиђачки саботери. Носили су тамну одећу, покривали лица и углавном су оперисали ноћу, нечујно се кретали и извршавали постављене задатке. Све нинџе су савладале вештину нинџуцуа. У суштини, нинџе су тип ратника који се користи у специјалним операцијама, попут јапанских специјалних снага. Јунаку игре Ниња Спеед Руннер такође је поверена тајна мисија, па се брзо креће. Схурикени лете према њему, од чега мора да се избегне, а ви ћете му помоћи у томе, терајући хероја да скочи или се сагне у Ниња Спеед Руннер-у.
