После серије неуспеха на Скибиди Ланду, тоалети су одлучили да користе нову тактику у игри Скибиди Стрике. Као резултат тога, одлучили су да уђу у злочиначку заверу са терористима и уједине се са њима под заједничким заставама. Злочинци су их дочекали на пола пута, не слутећи да ће и сами постати иста тоалетна чудовишта. Ипак, Скибиди се налазе у једној од база усред пустиње и сада ћете ви, као део групе специјалних снага, отићи тамо да их елиминишете. Пре свега, морате да изаберете муницију и оружје за свог хероја. После овога, ићи ћете на јуриш на базу. Морате се тајно кретати по територији; за то можете користити разне зграде, кутије и друге предмете. Чим се чудовишта појаве у вашем видном пољу, циљајте и отворите ватру на њих. За сваког непријатеља којег убијете, добићете одређени број поена, које можете искористити да напуните муницију и побољшате своје оружје. Криминалци такође могу да испусте разне корисне бонусе и комплете прве помоћи који ће вам помоћи да обновите здравље свог хероја. Чим очистите потпуно дефинисану локацију, можете прећи на следећи ниво игре Скибиди Стрике.
