Нинџа се управо вратио са планинарења и одлучио да посети свој родни манастир, где је учио и свог омиљеног учитеља, који му је дао огромно знање и научио га како да контролише своје тело и дух. Затекао је монахе у малодушју и великој фрустрацији. Дан раније, црвени самурај је напао манастир и украо збирку древног камења са рунама. То су свети камени који се вековима чувају у манастиру. Наш јунак се заклео да ће вратити све украдено и одмах кренуо на пут. Помозите хероју у Ниња Рун-у да испуни своју свету мисију. Ниња ће трчати, а ви ћете му помоћи да на време прескаче препреке и непријатеље, скупљајући камење.
