Војска скибидских тоалета упала је у град и сада се нико од становника не осећа безбедно. Они су изузетно окрутни и агресивни, али човечанство има доста таквих непријатеља. Много је страшнија чињеница да су у стању да претворе људе у себи врсту и да стално повећавају њихов број. Да би то спречиле у игри Скибиди Тоилетс: Инфецтион, градске власти су одлучиле да никог од људи не пусте на улицу, чак ни војнике, јер су у опасности. Уместо тога су позвани Сниматељи, јер су имуни на ефекте чудовишта и имају велико искуство у борби против њих. Ви ћете контролисати једног од ових специјалних агената. Узмите оружје и почните да чешљате улице града. Обратите пажњу на ситуацију около, јер се Скибиди тоалети могу појавити из било ког правца и морате бити спремни. Чим нађете непријатеља, ухватите га на нишану и почните да пуцате. За свако уништено чудовиште, добићете бодове и можете их користити да напуните муницију и побољшате своје оружје. Сваки ниво ће имати одређени број Скибиди тоалета. Морате их све елиминисати да бисте прешли на следећу фазу у Скибиди тоалетима: Инфекција.
