Најразличитији универзуми, један за другим, заробљени су од стране чудовишта Скибиди тоалета. Марио помно прати вести и схвата да ће пре или касније стићи у Краљевство печурака. Одлучио је да то спречи и отишао је у заробљене светове да уништи тамошње зликовце. Одлучио се на ово с разлогом, наш херој је дуго служио у обавештајној служби, иако мало људи зна за то и има све потребне вештине. Херој ће се наћи на територији коју су заузела Скибиди чудовишта. Водоинсталатер са шпијунским вештинама мора да извиди подручје и покуша да све буде што тише. Међутим, потпуна тишина се не може постићи. Контролишите његово кретање стрелицама. На путу ће се наћи препреке које морате прескочити. Сукоби су неизбежни и вреди се унапред припремити за њих како бисте напали са најпогодније позиције. Ваши неће моћи да користе оружје, јер ће гласни пуцњи привући непотребну пажњу на његову особу. Укључите се у борбу прса у прса са непријатељем, ударите тастером З и идите напред у тоалету Супер Спи Марио ВС Скибиди. Сваки завршен ниво биће награђен и моћи ћете да ојачате Мариа.
