Апокалипса се може догодити из различитих разлога, у игри Апоцалипсе Рун ћете помоћи хероју који је био у центру апокалипсе која се појавила као резултат устанка машина. Вештачка интелигенција, чија се појава толико чекала и толико се дивила због њеног брзог развоја, одлучила је да јој сада нису потребни људи. Штавише, чак су и штетни, јер све раде погрешно, често се понашају нерационално, уништавају животну средину и убијају своје врсте. У уму машине формирало се снажно уверење да је човек главно зло на планети и да мора бити уништено. Тако је почело систематско уништавање човечанства, а јунак Апокалипсе Рун жели да то избегне и ви ћете му помоћи да се бори против робота.
