Нинџа је одлучио да протегне ноге и да трчи по граду скупљајући новчиће. У игри Ниња Руннер упознаћете хероја и помоћи му да уреди градски паркур. За хероја нема непремостивих висина, можете кликнути на момка неколико пута и он ће скочити на било који врх: платформу, торањ и још један врх. Прошавши ниво, можете прећи на други, али будите опрезни, на новим нивоима ће се појавити додатне препреке у виду оштрих шиљака на које не морате да скачете како не бисте изгубили животна срца. Све је више оштрих препрека, што значи да ћете морати да будете веома брзи и окретни да спасете нинџу од губитка живота у Ниња Руннер-у.
