Вода или било која друга течност, по законима гравитације, ће се слити ако нађе излаз за себе, макар и малу пукотину. У Ватер Флов 3Д морате пустити да слободно тече како бисте испунили квадратне посуде испод. Број посуда ће варирати, али морате запамтити да се у њих може сипати само течност одговарајуће боје. Да бисте то урадили, отворите поклопце у исправном редоследу. Понекад ће течности морати да се мешају, а стаклене преграде ће морати да се разбију тешким куглицама у Ватер Флов 3Д. Постоји много нивоа и они су разнолики у погледу постављања задатака.
