Храбри самурај по имену Кјото живи у свету пиксела. Данас наш јунак мора путовати у удаљена подручја своје земље и тамо се борити против разних злочинаца. У томе ћете му помоћи ви у игри Пикел Самураи. Ваши самураји ће бити видљиви на екрану испред вас који се налази у одређеном подручју. Помоћу контролних тастера натераћете га да трчи напред. Пажљиво погледајте екран. На путу вашег јунака појавит ће се разне врсте препрека и рупа у земљи. Када је ваш лик на одређеној удаљености од овог опасног подручја, мораћете да га натерате да скочи. Тако ће ваш јунак летети ваздухом кроз ову опасност и моћи ће наставити својим путем.
