Луди професор Тхомас поново изводи експерименте у својој тајној лабораторији. Неуспешни покушај мешања различитих хемикалија изазвао је експлозију, а у ваздуху су се појавиле куглице напуњене отровним гасом. Постепено пуне собу. Ви у игри Професор Буббле Схоотер мораћете да помогне научнику да их се ослободи. За то ће наш херој користити посебан топ који ће испалити појединачне набоје. Морат ћете пронаћи гомилу мјехурића исте боје и кроз њих пустити набој потпуно исте боје. Тако ћете их уништити и добити бодове за то.