У древном Јапану, постојали су посебни храмови у којима су се спремали такви ратови попут нинџе. Ви у игри Ниња Рунс 3д идите до једног од њих и помажете једном нинџи да прође кроз разне врсте тренинга. Данас ће ваш херој морати трчати посебно изграђену стазу препрека заједно са осталим нинџама и прво доћи до циља. Ви ћете управљати његовим поступцима. Морате прескочити многе препреке, пењати се кроз разне препреке и обављати много више радњи које ће помоћи вашем нинџи да победи у такмичењу.
