У древној Јапанији постојао је константан рат између два ката ратника - самураја и нинџа. Ти у игри Ниња Руннер ће се борити на страни Нињсе. Вашем лику је добио наређење од шефа налога за извођење извиђања у једној шуми, где се самурајски одреди могу сакрити. Ваш јунак је храбро пао у шуму и трчао дуж стазе. Многи опасности и замке га чекају на путу. Ако контролишете свој лик, мораће да га ухвати и не пада у ове замке. Ако нађете непријатељске војнике, морате их све уништити уз помоћ мача. Само сакупите разне предмете који падају на његов пут.
